Các tác phẩm phản chiến của ông phản đối cuộc chiến tranh Việt Nam, do đó cả hai phía đều cấm lưu hành phần lớn các tác phẩm phản chiến của ông, mặc dù vậy nhiều người Việt Nam vẫn rất yêu thích các tác phẩm này. Vì thái độ không thật sự nghiêng về bên nào của ông đã gây nên sự nghi ngờ của cả hai phía.[5] Trong tác phẩm "Gia tài của mẹ" (1965), ông gọi các cuộc chiến tranh ở Đông Dương và Việt Nam suốt 30 năm là "nội chiến",[1] vì đối với ông cái chết nào cũng gây đau lòng với dân tộc".[6] Bên Việt Nam Cộng hòa còn có người coi ông là người "yếu đuối": Trịnh Công Sơn chỉ là một cây sậy, hơn thế nữa, là một cây sậy yếu hèn (cho dù có là "cây sậy có biết suy nghĩ tới đâu). Trong lớp vỏ của một cây sậy, của một thể chất yếu đuối, là một bản chất yếu đuối...[7]. Đối với MTDPGPMN, họ không quan tâm đến các ca khúc phản chiến của Trịnh Công Sơn vì ông không biết gì về chính trị và tội ác của người ngoại quốc. Còn bên Việt Nam Dân chủ Cộng hòa thì có những người "gạt ông sang bên lề vì coi ông thiếu lập trường chính trị"[5], có những người cực đoan dọa sau khi tiến về Sài Gòn đòi sẽ "xử tử" ông.[1]

Vào ngày 30 tháng 4 năm 1975, khi chấm dứt Chiến tranh Việt Nam, ông lên Đài phát thanh Sài Gòn hát bài "Nối vòng tay lớn" (bài hát kêu gọi và nói về ước mơ hòa hợp dân tộc hai miền Nam Bắc mà ông viết từ năm 1968[8] và Khánh Ly đã từng ghi âm và sản xuất băng nhạc năm 1969). Cũng chính ông là người trưa ngày 30/4 đã đứng lên phát biểu trực tiếp trên đài phát thanh Sài Gòn sau lời tuyên bố đầu hàng của Tổng thống Dương Văn Minh và kêu gọi:[9] "Hôm nay là ngày mơ ước của tất cả chúng ta... Ngày mà chúng ta giải phóng hoàn toàn đất nước Việt Nam này... Những điều mơ ước của các bạn bấy lâu là độc lập, tự do, và thống nhất thì hôm nay chúng ta đã đạt được tất cả kết quả đó... Hôm nay tôi yêu cầu các văn nghệ sĩ cách mạng miền Nam Việt Nam, các bạn trẻ và Chính phủ Cách mạng lâm thời xem những kẻ ra đi là những kẻ phản bội đất nước...Chính phủ Cách mạng lâm thời đến đây với thái độ hòa giải, tốt đẹp. Chúng ta không có lý do gì để sợ hãi mà ra đi cả. Đây là cơ hội duy nhất và đẹp đẽ nhất để đất nước Việt Nam được thống nhất và độc lập. Thống nhất và độc lập là những điều chúng ta mơ ước suốt mấy chục năm nay. Tôi xin tất cả các bạn, thân hữu và cũng như những người chưa quen của tôi xin ở lại và kết hợp chặt chẽ với Ủy ban Cách mạng lâm thời để góp tiếng nói xây dựng miền Nam Việt Nam này..."[10]